植物保护学院、菌物学院是两院合署办公，植物保护学院成立于2018年9月8日，菌物学院成立于2024年4月17日，虽然是一个崭新的学院，但所属植物保护学科历史悠久、实力雄厚。植物保护学科创建于1948年，是吉林农业大学建校始建的学科之一。经我国著名植物病理学家周宗璜先生、李玉院士等几代人的共同努力，建立了植物保护一级学科授权点完整的人才培养体系，包括学士、硕士和博士学位以及博士后流动站，先后被列为吉林省“十二五”省级优势特色重点学科、“重中之重”重点建设学科、吉林省特色高水平学科“一流学科A类”、吉林省世界一流学科培育计划建设学科。学科拥有植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学、菌物学、生物防治、菌物表型组学等6个二级研究方向博士、硕士学位授权点，1978年在全国开始首批招收植物病理学硕士研究生。

学院师资力量雄厚，拥有首批全国高校黄大年式教师团队、国家级优秀教学团队和教育部长江学者创新团队，现有教职工101人，其中教授和研究员34人，副教授22人，包括中国工程院院士1人，外籍院士2人，国家级教学名师1人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授1人，讲席教授1人，青年长江学者1人，“万人计划”创新领军人才１人，国家现代农业产业体系岗位科学家5人，神农领军人才2人，神农青年人才1人，长白山海外顶尖人才1人，长白山领军人才2人，拥有首批国家黄大年式教学团队。90%以上教师具有博士学位和国外留学或访学经历，是一支师德高尚、业务精湛、结构合理、充满活力的教师队伍。

学院现有全日制在校生1838人，其中本科生1251人，硕士研究生473人，博士研究生114人。现有植物保护、菌物科学与工程、生物信息学、应用化学等4个本科专业。植物保护专业于1959年招收首届本科生，是吉林农业大学最早全国招生的专业之一，首批国家一流建设专业、教育部首批卓越农林拔尖创新型人才教育培养计划改革专业、国家综合改革试点专业。菌物科学与工程专业是我国首个菌物类本科专业，国家一流本科建设专业。2021年新增新农科交叉专业——生物信息学专业。2024年应用化学专业划归本学院开始招生。

学院始终聚焦现代农业发展，关切农业重大问题，坚持基础研究与应用研究并举的发展方针，形成了“一株菌、一只蜂、一棵参、一粒米”的特色研究体系，立足科学前沿，服务地方经济建设。在菌物资源与利用，玉米、水稻、大豆、人参病虫害绿色防控，赤眼蜂生物防治等研究领域特色突出，成果丰硕。荣获包括国家科学技术奖一等奖、国家自然科学奖二等奖，何梁何利基金科学技术奖、光华工程科技奖、国家教学成果奖二等奖、吉林省特殊贡献奖、吉林省科技进步一等奖、吉林省技术发明一等奖等国家和省部级奖励50余项，教师也获得“全国脱贫攻坚楷模”、“全国最美科技工作者”和“全国模范教师”等荣誉称号。建设有科技部食用菌新种质资源创制国际联合研究中心等国家级科研平台3个；食药用菌教育部工程研究中心等部省级科研平台25个，与中科院、农科院等科研院所，巴斯夫和中化等跨国与业内龙头企业联合搭建实践教学基地。一流的师资队伍，一流的学科专业，一流的学术水平和一流的教学条件为学生的学习成长保驾护航。

学院坚持开放办学，依托“111计划”学科创新引智基地的建设，与美国、加拿大、澳大利亚、新西兰等30多个国家和地区的知名高校或科研机构有着广泛、稳定的合作交流，开展了联合人才培养、科学研究和学术交流等多种形式的国际合作项目，拓宽了学生的国际视野。年均承办国际会议1-2次，接待9个国家的留学生来校学习。学院参与援建的赞比亚农业技术示范中心被誉为“南南合作典范”。

植物保护学院、菌物学院正以提升办学水平为目标，育人育才为核心，学科建设为龙头，教学和科研为抓手，团结一致、共同奋进，为打造植物保护世界一流学科，建设国际知名的高水平研究型学院而努力奋斗。