学科积极鼓励和支持研究生开展学术交流，研究生通过参与学术交流，能够快速了解本领域相关学术前沿，最新行业动态，并在学术交流中开拓思路，激发灵感，不仅开拓了研究生的视野和眼界，而且极大地提升学术科研水平。学科注重国际化发展，与美国、加拿大、澳大利亚、新西兰等国家的多所知名高校建立了合作关系，开展了联合培养、学术交流等多种形式的国际合作项目，拓宽了学生的国际视野。学位点对研究生的学术成果有明确要求，如博士生需在特定期刊发表学术论文或参与特定科研项目等，成果需与学位论文内容密切相关，并且第一署名单位必须为吉林农业大学，这些要求旨在提升研究生的学术水平和科研能力。其中，菌物学科从无到有，由弱变强，建成了国内外首个本科、硕士、博士完整的菌物学学科发展体系和人才培养体系。学科通过《吉林农业大学学报》、《菌物研究》等杂志促进国内外学术交流与合作，这些杂志被多个国内外著名检索刊物及文献数据库摘引和全文收录，为研究生提供了一个展示科研成果的平台。学位点参与了“强农兴农”服务“一带一路”建设涉农学科国际交流会，与“一带一路”国家的专家进行学术交流，围绕粮食安全、智慧农业等议题进行探讨，积极推动农业领域的国际合作。

依托“111引智基地”的建设，学位点与国外30多个国家和地区的知名高校或科研机构有着广泛、稳定的合作交流。学校每年投入一定的预算经费作为研究生国际交流奖学金，鼓励研究生积极参与国际学术交流，包括出国（境）联合培养、参加国际学术会议等项目。多名研究生获得国家留学基金委资助，前往美国华盛顿州立大学、新加坡国立大学和匈牙利赛格德生物研究所等高校院所交流学习。博士研究生在读期间须听取20次学术报告，硕士研究生在读期间须听取15次学术报告。近五年来，植物保护学院举办45次学术活动，研究生参加国内外学术交流活动1000余人次，参加国际会议11人次，在国际会议上交流发言12人次。其中，2023年学科和国际药用菌学会共同在长春举办了第一届菌物科学与工程国际大会，大会举办了菌物研究与进展论坛、菌物产业发展论坛及菌物科技青年论坛等三场学术活动，为研究生提供了展示研究成果和与领域内专家交流的平台。2024年承办的第七届亚洲植物病理学大会，30名国内外研究生进行了学术报告，205名研究生通过墙报展示研究成果，与国际同行进行了学术交流。2023年9月，学科博士研究生应法国、荷兰、德国多所高校与科研机构的邀请，赴欧洲进行访问交流，参观了法国国家农业科学研究院、荷兰瓦赫宁根大学植物生态表型中心、德国于利希研究中心、德国莱本莱布尼茨植物遗传学和作物植物研究所等机构，并与相关研究人员进行了深入交流，在于利希研究中心还作了题为“MFCIS: An automatic leaf-based identification pipeline for plant cultivars using deep learning and persistent homology”的英文学术报告。2024年9月，学科博士研究生赴施尔丰公司匈牙利分公司进行基地参观、学术研讨，深入了解其育种、栽培技术和运营模式。学科博士研究生近年多次赴美国和荷兰，对食用菌菌种生产和分销等过程进行学术探讨。国际真菌学大会是最负盛名的国际真菌学会议之一，由国际菌物学协会主办，每4年举行一次，2024年8月在荷兰马斯特里赫特成功举行，学科博士研究生参加了此次会议，并通过海报展示形式在现场与各国参会代表进行讨论和交流。

学科每年定期举行“研究生学术年会”，并邀请知名专家学者作为学术报告评判，对优秀研究生进行奖励。随着全球化的进程加快，国际交流和合作将成为研究生教育的重要部分，未来期待看到更多的国际学生来中国攻读研究生学位，同时中国的学生也将有更多的机会去海外深造。